อยุธยามีแม่น้ำเจ้าพระยาไหลผ่าน ขณะเดียวกันก็มีแม่น้ำป่าสัก หรือแม่น้ำลพบุรีไหลมาสมทบอีกสายหนึ่งตรงบริเวณป้อมเพชร หรือหัวมุมวัดพนัญเชิง ดังนั้นหากอยุธยามีปัญหาเรื่องน้ำ ก็จะส่งผลมายังจังหวัดตอนล่าง ซึ่งรวมถึงกรุงเทพด้วย ปี45 และปี 49 ก็เคยเกิดน้ำท่วมใหญ่ จนสร้างความเสียหายต่อโบราณสถานและวัดต่างๆที่อยู่ติดกับริมเจ้าพระยา มาชมภาพในวันน้ำท่วมใหญ่อยุธยาในปี 2549 ได้ที่นี่ อาจเป็นภาพที่หลายคนไม่เคยเห็นบรรยากาศรอบๆเกาะเมือง ขณะนั่งเรือเที่ยว